おおまかな流れ
「廃インクタンクがいっぱいです」というエラーを解消するためには、廃インクタンクの交換（実際にはタンクではなく、パッドの交換です）とカウンタのリセットが必要です。
廃インクタンクというのは、プリンタ底面のほぼ半分（7割ぐらい？）に縁が付いていて、その中に不織布のようなものでできた吸収パッドが入っており、廃インクは液体でチャプチャプ溜まっているのではなくパッドに吸い込まれた形で保持されています。
廃インクタンクの交換と言うのは、厳密にはタンクではなく、このパッドを交換する事になります。
このプリンタでは、実際に廃インクタンクに溜まっているインクの量をセンサ等で計測しているのではなく、それまでに印刷したページ数か、インクの吐出量の累計（あるいはその両方）から、廃インクタンクに溜まったインク量を推定してエラーを出すようになっているようです。
ですから、廃インクタンクだけを綺麗にしてもエラーは出続けます。
筋で言えば先に廃インクタンクを綺麗にした後でカウンタのリセットをするべきでしょうが、先にリセットしてから後で廃インクタンクを交換しても問題は無い・・・はず(^^;です。
実際廃インクタンクのパッドを交換した時に見てみましたが、かなりの量のインクを吸っている事には違いないのですが、あと数百枚刷ったからと言ってすぐさま溢れてくるという感じでもありませんでしたので、「急いで刷らないといけないモノがあるのにエラーで刷れない」というのであれば、先にカウンタのリセットをしてみても良いかもしれません。
先にカウンタのリセットを行うなら「カウンタのリセット」へお進み下さい。
「そろそろいっぱいです」という段階であれば、単にリセットボタン（右側のボタン）を押せば、しばらくは印刷できます。
ただし、余裕があると言ってももう一度エラーが出るまで使い続けられる程の余裕はありませんので（ってか1000枚も刷ればヤバそうな感じ）、あくまでも交換用パッドを入手するまでの時間稼ぎと考えるべきです。
それから、キヤノン純正品(?)の廃インクパッドに交換しなくても、何かインクを吸収するモノでいいんじゃない？と考える方もいるかもしれませんが、この廃インクパッドは非常に複雑な形状をしていますし、わずかな厚さの違いでもメカ部分に変な力がかかって故障の原因になる事もあり得ますし、純正品と言っても安い（私は税込808円で購入しました）ので、ここはやはり純正品を入手して交換すべきだと思います。
という事で、おおまかな流れを書くと
- 純正品廃インクパッド（キヤノンの社内では「インク吸収体」と言うらしい）の入手
- 廃インクパッドの交換
- プリンタのカウンタのリセット